Praeguste hoiu-laenuühistute ajastu algas 1990. aastast kui tekkis esimene tänaseni toimiv ühistu: Lääne Hoiu-laenuühistu Märjamaal.
Paljud tolle aja ühistud olid loodud ennekõike kollektiivsel omandil toiminud põllumajandusettevõtete jääkvarade likvideerimiseks ja osakutega arveldamiseks. Enamus neist koos varade jaotamisega oma tegevuse ka lõpetas. 1992. aastal aga tekkis juba paar järgmist, mis tänaseni toimetavad: Leie HLÜ Viljandimaal ning Kambja HLÜ Tartumaal. 1999. aasta veebruaris kehtestati Hoiu-laenuühistute seadus. Samal aasta septembris asutati ka Eesti Hoiu-Laenuühistute Liit.

Praegu kuulub Liitu üheksa hoiu-laenuühistut. Kokku on tänaseks registreeritud Eestis 20 HLÜ-d.